对水质进行实时监测可能会产生误差较大或者损坏率高等情况，这些是因为存在于污水中的杂质太多，检测环境差，从而影响到监测结果。其中污水处理在线监控的力度和自动化控制水平都会受到影响。这该怎么说呢？ 由于在污水处理厂中，进水中污染物浓度比较高，而且悬浮物多，是很容易在监测仪和采样管道中形成污垢，这样是会严重影响后期的监测工作。所以相关工作人员是需要针对性的配置水样预处理单元以及和其水质浓度匹配量程的水质监测设备。另外在选用设备的时候，有的是自带控制系统的大型设备配置要和厂内主要控制系统选型相同，不然会造成仪器不容易和场内整个系统建立通讯，或者是在建立通讯的过程中消耗大量的资金（有点得不偿失的感觉）。
要确保水质监测仪工作过程中减少一些必要的问题，工作人员就要注意一些细节问题。比如在运行的过程中需要建立一套详细的维护和操作规程，要做的是维护工作要提前计划以及准备好相应的备用品，另外还有定期的对监测仪进行校准和标定，定时的清洗管道以及预处理单元，发现有消耗件以及处理更换，加强在线监测系统的日常管理工作等。  
以上只是针对污水处理厂做了个简单的说明，其实对于其他方面的水质监测工作同样也会存类似的问题，比如： 医疗废水在线监测，饮用水在线监测，工业过程水监测等。这些在使用水质监测仪的过程中同样是要注意以上的一些常见问题，以免后期出现检测误差大或损害率高等情况。