医疗废水进行处理之后，对水中各种微生物的监测不能少。其目的是为了确保医疗废水排出之前各项指标已经合格，防止水体被严重污染。
在新冠期间，水体中的有机物和悬浮物固体是能够吸附到新冠病毒之上，为病毒存活提供了保护作用。另外，存在粪便的医疗废水会排到污水处理厂，是携带了新冠病毒的废水，这就有可能造成处理污水的工作人员也有感染风险。所以有关医疗机构、污水处理机构等水环境监测部门做好病毒通过污水传播很重要。在这期间，相关部门还要去医院等相关机构严格执行《医疗机构水污染物排放标准》，而且还要操作队方面的要求进行医疗废水在线监测，保障医疗废水稳定达标排除。 而对于评价微生物指标是否合格的是大肠菌群，这时可以通过用大肠菌群在线分析仪对医疗废水中大肠菌群进行实时监测。因为在废水中的大肠菌群含量好肠道致病菌细菌量有着一定的关系，但水中大肠菌群的含量超过了1174个/L时，就可以在废水中检测出病原菌，所以监测大肠菌群是可以作为指标对这些微生物进行控制的。
当然监测大肠菌群的方法有多种，不同领域、污染以及监测方法对大肠菌群的标准是有所不同的，杭州慕迪生产的检测大肠菌群的水质监测仪器用的酶底物法，是全自动在线监测水中大肠菌群的含量。