其实在医院这种复杂的场所，对于污染物、废水的处理也要有一定的规律才行，如果什么乱七八糟的都丢一起处理，只会给后期带来更大的麻烦。所以要做好分类处理这点很重要！涉及到废水的，主要可分为以下几种情况来处理。
1.先要做的是，检验各个病原体的培养基、毒重保存液等一些高危废物，然后再科室中进行压力蒸汽灭菌之后，按照其他的感染垃圾来进行处理；
2.如果是传染病人（比如：肺结核人群等）的痰液以及在检验科检查之后的痰液样本、污染废物等，还有各科室病人的收集痰送到化痰室中，再经过高温煮沸半个小时作用，或是2000mg/L含氯消毒剂混合作用半个小时之后，将废水排入医疗废水处理系统；
3.一些放射性液体废物，该废物产生之后会通过管道排入分隔的污水池，再经过降解之后排入医疗废水的处理系统中去；
4.和化学性有关的废物，就是放射科显影液产生之后排入到医疗废水处理系统中的。定影产生之后，通过防止渗漏的桶装交给回收公司将其进行处理；
5.本章的主题：废水。对于医疗废水是通过排污系统进入到污水处理站的。在处理站根据相关的要求，通过相关的设备和制剂进行沉淀以及消毒、灭菌处理后，再将其排出。可以通过氯消毒方法对废水进行消毒，但如果用氯消毒的话需要注意一点，医疗废水中的总余氯进行实时监测。工作人员将RCl900总余氯在线分析仪安装在进水、出水口，在控制氯消毒剂投放量起到很大作用！ 了解了医疗废水的分类处理之后，工作人员还要注意生产医疗废水处理设备和化学试剂厂家是要进行认证的，这时公司资质就很重要。对废水进行处理后，还需要进行医疗废水在线监测工作，这可以通过第三方检测公司来进行监测（注：当然医疗废水除了要检测水中的总余氯意外，还有其他指标，如：大肠菌群、COD、总磷、氨氮等）。
至于处理医疗废水的基本流程可分为两级。一级：医院污水-化粪池-调节池-消毒接触池-排入市政；二级：医院废水-化粪池-调节池-生化池-沉淀池-消毒接触池-排入市政。