说到大肠菌群，它是医疗废水中的一项重要指标，特别是一些传染病医院更要注意。而相关部门要做的是，做好城镇污水处理厂切实的消毒工作，从而确保大肠菌群指标能够符合相关标准，当然这时还需要通过大肠菌群在线分析仪来分析是否已经消毒至符合出水标准。

消毒过程中需要严格执行《医疗机构水污染物排放标准》（GB 18466-2005）。参见《医院污水处理技术导则》（发[2003]197号）。 《医院污水处理工程技术规范》（HJ 2029-2013）和《新型冠状病毒污染医疗污水应急处理技术方案（试行）》。污水和废物分类收集和处理，确保稳定达标排放。对于没有医疗污水处理设施或污水处理能力不符合要求的医院，应督促其参照《医院污水处理工程技术规范》和《医院污水处理技术导则》执行。根据当地情况设置临时污水处理池（池），并采取加氯、过乙酸等措施进行消毒。切实加强对医疗污水消毒的监督检查，严禁排放未经消毒或处理不达标的医疗污水。

重视医疗废水和城镇污水监管工作，做好医疗废水收集、污染物排放等监督管理等工作。在消毒过程中还要关注进水余氯的指标情况，采取相应的措施，确保出水带达标。

除此之外，还要对饮用水水源地进行保护，做好相关水体的监测工作，从而确保饮用水水源不会被污染。